A auditoria operacional tem por objetivo a revisão metodológica da atividade ou segmentos operacionais, buscando avaliar se os recursos da organização estão sendo usados de maneira eficaz e eficiente para atingir os objetivos operacionais.

É um processo de avaliação de riscos e de sistemas de controles internos inerentes à atividade operacional, comparado com o esperado, o que propicia, inevitavelmente, a apresentação de recomendações destinadas a melhorar o desempenho e aumentar o êxito da organização, à luz das mais modernas técnicas de execução desses serviços..

Assim, a priorização dos projetos de auditoria inicia-se com a definição dos Fatores de Risco considerados mais importantes para a Empresa. Essa definição deve ser feita em conjunto com os executivos da Empresa e deve levar em consideração, dentre outros aspectos, as maiores preocupações da Alta Administração com relação aos riscos inerentes ao desenvolvimento dos negócios e ao ambiente de controles internos da Empresa como um todo. A fase de avaliação dos Fatores de Risco é, talvez, a mais importante no desenvolvimento de um processo de auditoria operacional, haja vista que dessa avaliação será delineado todo o processo de planejamento dos trabalhos a serem executados, sua extensão e seus resultados esperados.